Le 21 septembre 2010, ces deux commissions, instances consultatives, constituées auprès de la directrice générale de l’Agence régionale de santé, ont été installées.
Elles assurent l'exercice de la fonction de coordination et de recherche des complémentarités utiles :
d’une part, dans les domaines de la prévention, de la santé scolaire, de la santé au travail et de la protection maternelle et infantile ;
d’autre part, dans les domaines des prises en charge et des accompagnements médico-sociaux.

Elle peut décider de travaux à conduire pour contribuer à l'élaboration du projet régional de santé (notamment le schéma régional de prévention -SRP-). Elle favorise sur la base du plan stratégique régional de santé et du SRP la complémentarité des actions dans les domaines relevant de sa compétence. Elle définit également les conditions dans lesquelles les contributeurs financiers membres pourront s'associer à l'ARS pour organiser une procédure d'appel à projets destinée à sélectionner et à financer les actions de prévention et de promotion de la santé dans la région. Enfin, cette commission permet le rapprochement entre les acteurs régionaux de l'observation sanitaire et sociale pour améliorer la qualité et la disponibilité des informations nécessaires aux politiques régionales de santé.

Elle peut décider de travaux à conduire pour contribuer à l'élaboration du projet régional de santé (notamment le schéma régional d'organisation médico-sociale -SROMS-) et du programme interdépartemental d’accompagnement des handicaps et de la perte d’autonomie. Elle favorise l'adoption d'outils partagés d'analyse des besoins et de l'offre médico-sociale, examine les projets de SROMS et/ou de programmes qui en découlent, examine les schémas départementaux d'organisation sociale et médico-sociale. Enfin, cette commission favorise la complémentarité des actions arrêtées et financées par chacun des membres de cette commission.