Le Conseil de surveillance a pour missions d’approuver le budget de l’Agence, d’émettre un avis sur le Plan stratégique régional de santé (PSRS), le contrat pluriannuel d’objectifs et de moyens (CPOM) et sur les résultats de l’action de l’Agence. Il doit également approuver le compte financier.

Présidé par Stéphane FRATACCI, Préfet de la région Franche-Comté, il est composé des autres membres suivants :

- Trois représentants de l'Etat avec Eric MARTIN, Recteur de l'académie de Besançon, Jean-Robert LOPEZ, Préfet du territoire de Belfort et Fabienne DEGUILHEM, Directrice régionale de la jeunesse, des sports et de la cohésion sociale.

- Quatre représentants de collectivités territoriales avec Marie-Guite DUFAY, Présidente de la région Franche-Comté, Claude JEANNEROT, Président du conseil général du Doubs, Michel WEYERMANN, Vice-président du conseil général de Haute-Saône et Sylvie VERMEILLET, représentant des groupements de communes.

- Dix conseillers des organismes d'assurance maladie des trois régimes avec Jean-Luc MIGNON pour la CGT, Jean-Claude PERRIN pour la CFDT, Daniel GUELDRY pour la CFE CGC, Roland BRENIAUX pour la CFTC, Christian DEMOUGE pour FO, Robert MILLARDET pour le MEF, Marie-Claude GUIGNARD-CHAPITAUX pour la CGPME, Frédéric CAVAGNAC pour l'UPA, Lucrèce BOITEUX, Présidente de la Mutualité sociale agricole (MSA) de Franche-Comté et Jean-Claude BRADY, Président du Régime social des indépendants (RSI) Franche-Comté.

- Trois représentants des usagers de la santé avec Michel HAON, Président du Collectif associatif sur la santé (CISS) de Franche-Comté, Francine FORESTI, Présidente de Franche-Comté Alzheimer et Bernard THIEBAUD de l'Union nationale des amis et familles de malades psychiques (UNAFAM).

- Quatre personnes qualifiées avec Pascal HUDRY de la Mutualité Française, Christian MAGNIN-FEYSOT, Président de l'Association des représentants des usagers dans les cliniques, les associations et les hôpitaux (ARUCAH), Jean-Paul VERGON, Président du Liseron et Roger DURAND, Préfet honoraire.

- Aux côtés de Sylvie MANSION, Directrice générale de l’ARS et de Jean-Yves MARANDET, Chef des services financier et comptable, on retrouve Bruno HERRY, Président de la Conférence régionale de la santé et de l'autonomie, Alain CHANTEREAU, Directeur régional des finances publiques, Michel RIBIERE, Administrateur des finances publiques et Contrôleur budgétaire, Sylvia CARBONEL, représentant le personnel Etat de l'ARS et Frédéric TARRAPEY, représentant le personnel Assurance Maladie de l'ARS.