Le FNPEIS, fonds du régime général et créé en 1998, permet de financer des actions de prévention dont les thématiques sont définies par une circulaire annuelle de la Caisse nationale d’assurance maladie des travailleurs salariés (Cnamts). 

En 2005, quatre orientations nationales majeures ont été fixées : 
- contribuer à la politique de prévention définie par l’Etat ; 
- développer des programmes personnalisés de prévention, en valorisant le parcours de soins et le médecin traitant dans son action préventive, en poursuivant et développant la prévention bucco-dentaire, en développant l’action préventive des centres d’examens de santé ; 
- développer l’accompagnement des pathologies lourdes, notamment l’éducation thérapeutique ; 
- lutter contre les inégalités de santé.  

Depuis 2007, les deux tiers de ce fonds sont directement affectés au Groupement régional de santé publique (GRSP) et sont gérés par cette nouvelle entité prévue par la loi de santé publique d’août 2004. Le GRSP finance ensuite les actions arrêtées dans le cadre du Plan régional de santé publique.