Les enjeux liés à la santé environnementale sont forts. En effet, l’Organisation Mondiale de la Santé (OMS) définit la santé environnementale comme les aspects de la santé humaine qui sont déterminés par les facteurs physiques, chimiques, biologiques et sociaux de l’environnement. Elle concerne également le contrôle et la prévention des facteurs environnementaux susceptibles d’affecter la santé des générations actuelles et futures.  Certaines maladies peuvent être associées à la qualité de l’environnement. C’est le cas par exemple des légionelloses ou de certains épisodes de gastro-entérites liés à une contamination de l’eau destinée à la consommation humaine. Enfin, la qualité de l'air a également un impact significatif sur les maladies respiratoires comme l’asthme.  Le PRSE 2 de Franche-Comté s’appuie sur les orientations du deuxième Plan National Santé Environnement issu du Grenelle de l’Environnement et prend en compte les problématiques régionales. Il s’inscrit dans la continuité du premier plan régional santé environnement 2006-2009.

Le plan comporte 4 axes de travail qui ont été définis par le Groupe Régional Santé Environnement, instance consultative regroupant les principaux acteurs francs-comtois de ce domaine :
- réduire les risques sanitaires liés aux usages de l’eau
- réduire les expositions aux polluants en milieux clos à fort impact sur la santé
- réduire les expositions aux polluants de l’air à fort impact sur la santé
- réduire les risques de maladies chroniques en agissant sur l’alimentation

Au total, 13 objectifs opérationnels et 31 actions s’inscrivant dans ces 4 axes ont été retenus dans le plan pour une mise en œuvre sur la période 2011-2015.

Le PRSE 2 de Franche-Comté va poursuivre et amplifier la dynamique engagée par le premier PRSE en associant l’ensemble des acteurs locaux qui interviennent en santé environnement: associations, collectivités, monde professionnel, experts, services de l’Etat et établissements publics qui ont contribué à l’élaboration de ce plan.  L’implication de tous attendue durant ces 5 prochaines années pour la réalisation des actions du plan permettra de contribuer efficacement à l’amélioration de la santé et de la qualité de vie de la population franc-comtoise.